De laatste tijd is discussie ontstaan over de mogelijke gezondheidsrisico’s van retrofit-roetfilters. De roetfilters zouden grotere risico’s voor de gezondheid met zich meebrengen. In een reactie zegt VROM dat roetfilters zeer effectief zijn om de uitstoot van fijnstof terug te dringen en dus nodig zijn voor de gezondheid. In een uitzending van Tros Radar op 16 april 2007 heeft onderzoeker Makkee (TU Delft) het beeld geschetst dat roetfilters, die in bestaande dieselauto’s worden ingebouwd, mogelijk schadelijk zijn voor de gezondheid. De gezondheidsrisico’s die volgens Makkee aan retrofit-roetfilters kleven, namelijk dat zeer fijne toxische stofdeeltjes in de lucht zouden komen, zijn gebaseerd op vermoedens en niet op wetenschappelijk onderzoek. Zijn idee staat haaks op de mening van veel deskundigen en ook uit vooronderzoek van TNO blijkt dat de vermoedens van Makkee niet wetenschappelijk kunnen worden onderbouwd. Dat heeft minister Cramer van VROM aan de Tweede Kamer laten weten. Ook het RIVM denkt dat het meevalt met de gezondheidsrisico’s maar acht nader onderzoek noodzakelijk. TNO doet er momenteel onderzoek naar in opdracht van VROM. Het is nog te vroeg om te stellen dat er grote risico’s zijn maar het is wel duidelijk dat er meer onderzoek nodig is om definitieve uitspraken te doen. Volgens de minister is er op dit moment geen reden voor ongerustheid of voor het nemen van vergaande maatregelen zoals het stopzetten van de subsidieregeling voor retrofit-roetfilters. Ook Stichting Natuur en Milieu pleit voor een onverminderde toepassing van de roetfilters.