Mercedes-Benz komt met twee uitvoeringen op de markt. De basisuitvoering, de Citan Combi Trend, is leverbaar vanaf  15.395 euro (23.985 euro incl. btw  en bpm). Met deze uitvoering richt het merk zich vooral op de zakelijke markt. Met een rijker uitgeruste uitvoering (Ambiente) verwacht Mercedes-Benz de particuliere markt te bedienen. Omdat de Citan Combi zich bij uitstek leent voor ombouw tot rolstoelvoertuig is hij bijzonder geschikt voor inzet in het (particuliere) rolstoelvervoer. De Ambiente is leverbaar vanaf 17.056 euro (25.995 euro incl. btw en bpm).  Mercedes-Benz werkt bij de Citan Combi, net als bij de gesloten bestelwagen met een modulaire prijsopbouw. De bovengenoemde prijzen gelden voor de 108 CDI uitvoeringen. De meerprijs voor de 109 CDI van zowel de Combi Trend als Ambiente is ruim duizend euro ex. btw/bpm. De Euro 5-dieselmotoren van de Citan Combi met BlueEfficiency-pakket beschikken standaard over een roetfilter. Een brandstofverbruik van 4,3 liter per 100 km draagt bij aan een lage total cost of ownership (tco).

De CO2-uitstoot van zowel de 108 CDI als de 109 CDI is 112 gr/km. Daarmee heeft de Citan Combi de laagste emissie en het laagste brandstofverbruik in zijn klasse. In de tweede helft van 2013 wordt de Citan Combi ook leverbaar met benzinemotor.